Durante la época de la colonia, el territorio del Putumayo formó parte de la provincia de Popayán; durante la Gran Colombia, pertenecio al departamento de Asuay, el cual comprendía parte de la actual Amazonía Ecuatoriana y Peruana; en el año de 1813 pasó nuevamente a ser parte de la provincia de Popayán, y del territorio del Caquetá; en 1857 dependía del estado federal del Cauca; en 1886, del departamento del Cauca; en 1905 el General Rafael Reyes ordeno la creación de la intentendencia del Putumayo; en 1909 formó parte de la intentendencia del Caquetá y del departamento de Nariño; en 1912, fué creada la comisaría especial del Putumayo, la que en 1953 fue anexada al departamento de Nariñó y en 1957 desanexada para volver a su condición independiente; en 1968, la ley 72 creó la intentendencia del Putumayo, con capital en la ciudad de Mocoa, siendo inaugurada en 1969; y finalmente, el 4 de julio de 1991, la Asamblea Nacional Constituyente creó el Departamento del Putumayo, conservando a Mocoa como la capital de la nueva división político administrativa.

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